Spośród świętych Kościoła szczególną atencją cieszyli się orędownicy w ciężkich, nieuleczalnych chorobach. Ich kult ożywał zwykle w jakże częstych okresach szerzenia się epidemii śmiertelnych ówcześnie chorób: ospy, dżumy, cholery. W Chełmnie rozwinął się przede wszystkim kult czterech świętych: Walentego, Rocha, Fabiana i Sebastiana.

Już z 1582 r. pochodzi wzmianka o czci oddawanej w mieście św. Walentemu. Wówczas to w klasztorze benedyktynek przebywała Anna Dzierżanowska chora na epilepsję.

Benedyktynki w obawie przed tą chorobą postanowiły ku czci św. Walentego zachować po wieczne czasy „post o jednej potrawie”. Do wzmocnienia kultu św. Walentego przyczyniła się starościna bratiańska i jasieniecka Jadwiga Marianna Działyńska z Czarnkowa, żona Pawła Jana Działyńskiego. 22 maja 1630 r. ofiarowała, najprawdopodobniej do kościoła szpitalnego Ducha Świętego, srebrny relikwiarz zawierający fragment kości czaszki św. Walentego. Dar był wotum dziękczynnym „za doznaną pomoc w chorobie córki” – jak głosi inskrypcja na relikwiarzu. Najprawdopodobniej w okresie przejęcia parafii chełmińskiej przez Księży Misjonarzy, relikwiarz został przeniesiony do kościoła parafialnego. Do czasu wystawienia ołtarza św. Walentego w 1715 r. relikwiarz był przechowywany w kaplicy Matki Bożej Bolesnej. Św. Walentemu, patronowi epileptyków, szczególną cześć oddawano 14 lutego w kościele szpitalnym Świętego Ducha. Już w końcu XVII w., gdy administratorami parafii byli Księża Misjonarze w przeddzień uroczystości św. Walentego relikwiarz przynoszono w godzinach popołudniowych do tego kościoła, gdzie był wystawiony do adoracji. Właściwe uroczystości zaczynały się 14 lutego poranną Mszą. O dziewiątej była uroczysta suma z kazaniem. Po nieszporach następowało ucałowanie relikwiarza przez duchownych, kleryków i wiernych, po czym procesyjnie przenoszono relikwiarz do Fary. W trakcie procesji śpiewano litanię do św. Walentego oraz suplikację „Święty Boże”. Misjonarze wystarali się w Rzymie o odpust zupełny dla wiernych biorących udział w uroczystościach. Podobne uroczystości miały miejsce w święto patronalne kościoła, w Zesłanie Ducha Świętego.

Wydaje się, że apogeum kultu św. Walentego w Chełmnie przypadało na wiek XVIII. Sława chełmińskich relikwii była na tyle duża, że podano je do uczczenia przejeżdżającemu przez miasto w 1718 r. kanclerzowi wielkiemu koronnemu Janowi Szembekowi. W ówczesnych wizytacjach biskupich wśród wielu relikwii chełmińskiego kościoła parafialnego na pierwszym miejscu wymieniono ten właśnie relikwiarz. A jednak nie zachowały się żadne przekazy, co do innych form kultu ani też doznanych łask. Zdaje się, że św. Walenty był czczony w mieście, jako patron w ciężkiej chorobie, ale relikwiarza nie otaczał nimb cudowności.

Kult św. Walentego przygasł w XIX w., kiedy to po zamknięciu kościoła Ducha Świętego zaprzestano procesji z relikwiami. Przetrwała natomiast szczęśliwie w kościele farnym tradycja wystawiania relikwiarza na widok publiczny do adoracji w dniu 14 lutego.

Gdy w początku lat dziewięćdziesiątych zawitała do Polski moda na walentynkowe święto zakochanych, wówczas i w Chełmnie zaczęto inaczej postrzegać św. Walentego. Od 2002 r. Msza św. w Farze przed wystawionym relikwiarzem stała się jednym z punktów miejskich uroczystości walentynkowych. Nieco wcześniej relikwiarz został poddany zabiegom konserwatorskim. Natomiast na uroczystości walentynkowe w 2008 r. odnowiono ołtarz, a dotychczasowe metalowe drzwiczki z napisem: S[ANCTI]. VALENTINI M[ARTYRIS]. EPILEPTICORUM PATRONI CAPUT MIRACULIS CELEBRE (Św. Walentego męczennika, patrona epileptyków, głowa wsławiona cudami), zamykające dostęp do niszy, w której jest przechowywany relikwiarz, zostały zastąpione szklanymi.