Położony przy ulicy Grodzkiej kościół śś. Piotra i Pawła jest pierwszą barokową budowlą w Krakowie i jedną z pierwszych wzniesionych w tym stylu na ziemiach polskich. Zbudowany został dla jezuitów z fundacji króla polskiego Zygmunta III Wazy, inspirowanej przez królewskiego kaznodzieję, jezuitę Piotra Skargę. Plany kościoła wykonał prawdopodobnie Giovanni de Rossis, naczelny architekt zakonu jezuitów w Rzymie. Budowę rozpoczętą w 1597 r. prowadzili kolejno architekci Józef Britius, Giovanni Maria Bernardoni i Giovanni Trevano. Kościół zarówno w układzie przestrzennym, bryle i kształcie fasady wzorowany jest na rzymskim kościele jezuitów Il Gesu.

Posiada trójprzęsłowy korpus o szerokiej nawie ujętej po obu stronach w kaplice połączone ze sobą wąskimi przejściami, tworzącymi amfiladową perspektywę, transept nakryty nad skrzyżowaniem kopułą oraz krótkie prezbiterium, zamknięte półkolistą apsydą. Autorem wspaniałej dwukondygnacjowej fasady kościoła jest królewski architekt Trevano.

We wnękach dolnej kondygnacji znajdują się posągi jezuickich świętych: Stanisława Kostki, Ignacego Loyoli, Franciszka Ksawerego i Alojzego Gonzagi, między nimi widnieje godło zakonu jezuitów. Powyżej w górnej kondygnacji ustawione zostały posągi patronów Wazów: śś. Zygmunt i Władysław. Całość wieńczy trójkątny szczyt ozdobiony herbem Wazów - Snpkiem. Wnętrze kościoła podzielone jest pilastrami korynckimi dźwigającymi wydatne, przełamujące się belkowanie. Sklepienia nad prezbiterium i nawą są kolebkowe z lunetami, nad ramionami transeptu kolebkowe a nad kaplicami bocznymi krzyżowe. W hemisferycznym sklepieniu apsydy uwagę zwracają stiukowe płaskorzeźby wykonane przez Jana Chrzciciela Falconiego, przedstawiające ukrzyżowanie św. Piotra i ścięcie św. Pawła. Obok we wnękach stoją posągi śś. Wojciecha i Stanisława a poniżej popiersia śś. Ignacego Loyoli i Franciszka Ksawerego. Natomiast w bębnie kopuły widoczne są figury czterech ewangelistów, wykonane przez Davida Heela w 1. ćw. XVIII w. Ołtarz główny, późnobarokowy został zaprojektowany w 1725 r. przez Kacpra Bażankę i ozdobiony rzeźbami przez Antoniego Frączkiewicza. W polu głównym umieszczony jest obraz Wręczenie Kluczy Piotrowi, namalowany w 1820 r. przez Józefa Brodowskiego. W bocznych polach znajdują się obrazy: po lewej wizerunek papieża z unoszącym się nad nim Duchem Świętym pod postacią gołębicy, podtrzymywany przez Ojców Kościoła Zachodniego: śś. Augustyna i Hieronima; po prawej obraz wręczenia oznak władzy biskupowi obrządku wschodniego, podtrzymywany przez Ojców Kościoła Wschodniego: śś. Cyryla Aleksandryjskiego i Cyryla Jerozolimskiego.

W zwieńczeniu widnieje rzeźba św. Pawła. Obok na prawej ścianie prezbiterium zawieszony jest obraz Wszystkich Świętych adorujących Trójcę Świętą, namalowany w 1763 r. przez Łukasza Orłowskiego i pochodzący z dawnego kościoła Wszystkich Świętych. Naprzeciw ustawiony jest barokowy pomnik nagrobny bpa Andrzeja Trzebickiego (zm. 1769). Przed prezbiterium znajduje się wejście do krypt, w jednej z nich w cynowej trumnie spoczywają doczesne szczątki ks. Piotra Skargi (zm. 1612). Przy filarach transeptu i nawy głównej ustawione są posągi z białego marmuru m.in.: papieża Piusa IX z około 1880 r., autorstwa Walerego Gadomskiego i Michała Korpala oraz ks. Piotra Skargi, dłuta Oskara Sosnowskiego. Południowe ramię transeptu mieści kaplicę św. Stanisława Kostki. Urządzono ją w 1639 r., kiedy sprowadzono relikwie świętego z Rzymu. W ołtarzu umieszczone są obrazy: Wizja św. Stanisława Kostki i św. Stanisław wśród jezuitów. W tej samej kaplicy obejrzeć można późnobarokowy pomnik nagrobny rodu Branickich: Jana Klemensa, marszałka nadwornego koronnego (zm. 1673) i jego syna Stefana Mikołaja, wojewody podlaskiego (zm. 17090; skomponowany wokół portalu, z dużym obrazem Bitwa pod Chocimiem pędzla nieznanego malarza. Ponadto są tam jeszcze dwa inne dzieła: posąg uczestnika powstania styczniowego Maurycego Drużbackiego (zm. 1863) ukazanego w chwili egzekucji, wykonany w 1912 r. przez Antoniego Madeyskiego i rzeźba Maurycego Poniatowskiego (zm. 1878) klęczącego u stóp Ukrzyżowanego Chrystusa, wykonana przez Wiktora Brodzkiego w 1881 r. Z kaplicy św. Stanisława Kostki przejść można do kaplicy św. Trójcy, która podobnie jak pozostałe kaplice ujmujące nawę od południa: św. Archanioła Michała i Wieczerzy Pańskiej i od północy: św. Ignacego Loyoli; Matki Boskiej Loretańskiej i Męki Pańskiej, posiada sklepienia ozdobione stiukową dekoracją z XVIII w. Na zewnątrz od ulicy Grodzkiej oddziela kościół XVIII-wieczne ogrodzenie zaprojektowane przez Kacpra Bażankę, z ustawionymi od frontu dwunastoma figurami apostołów (obecnie kopie), wykonanymi przez Dawida Heela.

Rozważano dwie potencjalne lokalizacje nowego kościoła Jezuitów: pierwsza, w zachodnim rogu rynku, przy ulicy Wiślanej oraz druga: na ulicy Grodzkiej. Drugi wariant był lepszy ze względu na rozległość terenu, która dawała możliwość dowolnego zaprojektowania okazałej budowli. Jako że pierwszy protektor finansowy nie był w stanie podołać obowiązkom fundatora (kardynał Jerzy Radziwiłł), Jezuici zwrócili się do króla Zygmunta III Wazy z prośbą o przejęcie fundacji.

Uroczysta konsekracja kościoła odbyła się 8 lipca 1635 roku.